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54. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e.V. (GMDS)

Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie

07. bis 10.09.2009, Essen

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Das Genetische Mastermind Spiel: Strategien für die selektive Phänotypisierung bei bekanten Genotypen

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  • Achim Tresch - Ludwig Maximilians-Universität, München

Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie. 54. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie (gmds). Essen, 07.-10.09.2009. Düsseldorf: German Medical Science GMS Publishing House; 2009. Doc09gmds086

doi: 10.3205/09gmds086, urn:nbn:de:0183-09gmds0867

Published: September 2, 2009

© 2009 Tresch.
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Bei rapide sinkenden Genotypisierungskosten sind die Phänotypisierungskosten mittlerweile oft der limitierende Faktor bei der Identifizierung quantitativer trait loci (QTLs). Während große Mengen von Individuen bereits genotypisiert vorliegen, müssen die Phänotypen erst noch bestimmt werden. Bei gegebener Maximalzahl von Phänotypisierungen stellt sich daher die Frage nach einer optimierten Auswahl der zu phänotypisierenden Individuen. In einem Bayesschen Ansatz formulieren wir dieses Problem als Optimierungsaufgabe, wobei die Zielfunktion die (erwartete) Entropie der a posteriori Verteilung über die Loci ist. Es werden geschlossene Formeln für biallelische Loci und diskrete sowie gaussverteilte Phänotypen hergeleitet. Wir schlagen zwei Strategien zur optimierten Individuenauswahl vor und implementieren diese in R/Bioconductor. Der Ansatz wird benutzt um einen Locus zu finden, der Arsenresistenz in Hefe codiert.