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SNP Array 6.0 Ergebnisse bei Respondern und Nonrespondern eines fortgeschrittenen Magenkarzinoms unter 5-FU und Cisplatin/ Irinotecan basierender Radiochemotherapie
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Authors
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Peter Grimminger
- Uniklinik Köln, Allgemein-, Visceral- und Tumorchirurgie, Köln
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Daniel Vallböhmer
- Universitätsklinikum Düsseldorf, Klinik und Poliklinik für Allgemein-, Visceral,- und Tumorchirurgie, Düsseldorf
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Martin Maus
- Uniklinik Köln, Allgemein-, Visceral- und Tumorchirurgie, Köln
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Frederick Schumacher
- University of Southern California, Norris Comprehensive Cancer Center, Dep. of Preventive Medicine, Keck School of Medicine, Los Angeles
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Heinz-Josef Lenz
- University of Southern California, Norris Comprehensive Cancer Center, Dep. of Preventive Medicine, Keck School of Medicine, Los Angeles
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Arnulf H. Hölscher
- Uniklinik Köln, Allgemein-, Visceral- und Tumorchirurgie, Köln
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Jan Brabender
- St. Antonius Krankenhaus, Klinik für Allgemein- und Visceralchirurgie, Köln (Bayenthal)
| Published: | April 23, 2012 |
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Text
Einleitung: Single Nucelotide Polymorphismen (SNP) von wichtigen biochemischen Pathwaygenen wurden mehrfach als molekulare Marker für eine Responseprädiktion bei der adjuvanten Chrmotherapie beim Magenkarzinom beschrieben. Wir haben in unserer Studie mit dem Affymetrix SNP 6.0 Array mehrere tausend SNPs bei Patienten mit guten und schlechtem Ansprechen (Responder/Nonresponder) auf eine adjuvante Radiochemotherapie (5FU + Cisplatin oder Irinotecan) untersucht.
Material und Methoden: Das Affymetrix SNP Array 6.0 wurde bei 16 Patienten mit einem fortgeschrittenen Magenkarzinom, welche ein gutes Ansprechen auf die Radiochemotherapie mit 5FU+Cisplatin/Irinotecan hatten und bei 30 Patienten mit einem fortgeschrittenen Magenkarzinom welche ein schlechtes Ansprechen auf diese Therapie hatten, gemessen an der recurrence free survival, untersucht. Die SNP Array 6.0 Chip Analyse wurde nach Anleitung von Affymetrix durchgeführt. Bei der statistischen Auswertung der Daten wurde aufgrund der eingeschränkten Aussagekraft der einzelnen SNPs eine Pathwayanalyse entwickelt und unter Benutzung der KEGG BIOCARTA REACTOM und AMBION Datenbank, welche über 1266 biochemische Pathways beinhalten, durchgeführt.
Ergebnisse: Durch die Benutzung des Fisher Tests zeigten sich mehrere hundert SNP potentiell signifikant mit der Response oder Nonresponse auf die adjuvante Radiochemotherapie beim Magenkarzinom assoziiert. Bei der Pathwayanalyse wurden die SNPs in bekannte biochemische Pathways gruppiert und auf ihre Assoziation mit Response oder Nonresponse auf die adjuvante Radiochemotherapie untersucht. Sechs Pathways SNP Analysen aus der KEGG BIOCARTA REACTOM und AMBION Datenbank waren mit dem Ansprechen auf die adjuvante Therapie signifikant assoziiert. Diese Pathways waren: KEGG Colorectal Cancer Pathway (p˂0.0001, FDR=0.343), Ambion Epithelial Tight Junctions (p=0.001, FDR=0.357), Reactome Muscle Contraction(p=0.001, FDR=0.331), KEGG Chronic Myeloid Leukemia (p=0.001, FDR=0.463), Ambion Transcritptional Regulatory Network in Embryonal Stem Cell (p=0.006, FDR=0.553 ) and Biocarta ALK Pathway (p˂0.004, FDR=0.646).
Schlussfolgerung: Die SNPs der sechs gefundenen Pathway Gene scheinen für das Ansprechen der adjuvanten Radiochemotherapie mit 5FU und Cisplatin/Irinotecan eine Rolle zu spielen. Unser Ziel ist es nun diese Pathways zu validieren und die Schlüssel SNPs der beteiligten Gene zu identifizieren. Hierzu sind weitere SNP Array und Einzel-SNP Analysen notwendig und in Planung.
